Ilmastointi vaatii ajoittain huoltoa ja korjaustoimenpiteitä. Järjestelmän paineistettu kaasu saattaa vuotaa hiljalleen tiivisteistä ja tällöin ilmastoinnin teho heikkenee. Samoin voiteluaineena järjestelmässä käytetty öljy vaatii tarkastusta ja täyttöä. Huollon yhteydessä ilmastointijärjestelmään lisätään väriaine, jolloin mahdolliset vuodot selviävät helposti. Näin säästetään jatkossa työaikaa ja kustannuksia vianhaussa sekä korjauksissa.

Auton sisälle saattaa ajoittain tulla epämiellyttävää hajua ilmastointijärjestelmästä. Tällöin olisi hyvä suorittaa desinfiointi, jonka tarkoituksena on puhdistaa jäähdytyskenno ja ilmakanavat. Ilmastointilaitetta on pyrittävä käyttämään kokoajan säännöllisesti lyhyen aikaa myös talvella, jotta järjestelmä säilyttää toimintakykynsä.